Cách thiết kế phòng thí nghiệm về cơ bản , được chia ra thành 6 phần:

-      Phần I: Phòng Chứa Hóa Chất thí nghiệm Và Dụng Cụ.

Những chất thường xuất hiện trong các phòng mô thực vật như  Alcohol, Javel, môi trường MS (gồm có khoáng đa lượng,khoáng vi lượng, vitamins…), muối thủy ngân, chất điều hòa sinh trưởng (NAA, BA, Kinetin, 2,4-D, …).

Chúng ta hay mua các loại vi lượng đa lượng để pha stock khi pha MS, tuy nhiên trên thị trường có bán rất nhiều môi trường MS pha sẵn, cách sử dụng rất đơn giản mà dễ bảo quản. Điển hình như Duchefa- Hà Lan, Sigma-Aldrich Mỹ, Hi-Media Ấn Độ… Duchefa là loại mà các Viện nghiên cứu, trung tâm sản xuất hay sử dụng vì giá thành rất rẻ mà chất lượng cao. Còn của Sigma thì chúng ta không cần phải bàn về chất lượng, tuy nhiên giá thành lại cao gấp nhiều lần so với Duchefa.

Trong sản xuất, người ta thường kết hợp hóa chất Trung Quốc và hóa chất thí nghiệm của Duchefa hoặc hóa chất tinh khiết Sigma Aldrich với nhau để tạo nên hiệu quả kinh tế cao. Các stock thường mua của Trung Quốc vì giá thành rất rẻ, khoảng vài chục nghìn/1Kg hóa chất. Sau khi pha xong, ta sử dụng Hormone kích thích của Duchefa hoặc Sigma. Vì các loại hormone này có độ tinh khiết, chất lượng cao cho nên cây có thể định hình theo mục đích của người sử dụng. Dụng cụ trong nuôi cấy mô thường rất đơn giản như que cấy, kẹp, kéo, bình erlen, đĩa petri…

-      Phần II: Phòng Chuẩn Bị Môi Trường

Dùng để chuẩn bị môi trường nuôi cấy trước khi tiến hành hấp tiệt trùng. Thông thường người ta chất các bình nuôi cấy trên bàn, đổ agar vào các bình, cho môi trường MS vừa pha vào những bình này, đóng nắp, bịt lại bằng giấy báo hoặc giấy bạc. Tiếp theo ta đem môi trường đã chuẩn bị qua phòng hấp tiệt trùng.

-      Phần III: Phòng Hâp Tiệt Trùng.

Phòng này rất quan trọng trong nuôi cấy mô thực vật. Vì nếu phòng không sạch sẽ thì có nguy cơ mẫu môi trường sẽ bị nhiễm nấm hoặc khuẩn.

Trong phòng này chúng ta sẽ trang bị nồi hấp tiệt trùng. Nối hấp tiệt trùng có nhiều loại, từ bán tự động cho tới tự động. Ngày nay hầu hết chúng các sản phẩm nồi hấp đều tự động, tức là chúng ta không phải cản thiệp gì thêm trong quá trình hấp. Trên thị trường có rất nhiều nhãn hiệu nồi hấp tiệt trùng như: Sturdy, Hirayama, Federgari,LAC labtech… Với túi tiền khiêm tốn thì ta xài Sturdy của Đài Loan, loại này xài tạm được vẫn hay có trục trặc trong quá trình vận hành. Người ta hay xài phổ biến nồi hấp của Hirayama, loại này tiệt trùng hầu hết các loại nấm, vi sinh, khuẩn. Giá thành chắc chắn sẽ đắt hơn của Sturdy nhưng hiệu quả hơn nhiều. Tuy nhiên trong theo chuẩn của ngành Dược thì Hirayama sẽ không đáp ứng được quy cách hấp mẫu vì các loại mẫu sẽ dễ bị hư. Do đó, giải pháp tốt nhất cho ngành Dược là dùng nối hấp Federgari, nối hấp này rất đắt tiền nhưng chắc chắn sẽ làm hài lòng bạn khi mà chạy những quy trình khắc khe nhất.

-      Phần IV: Phòng rửa dụng cụ

Phòng này chứa các loại dụng cụ như bình môi trường sau khi sử dụng, que cấy dơ, đĩa dơ, ống tube dài… Do đó, cần trang bị que rửa dụng cụ, xà phòng… Sau khi rửa, các loại dụng cụ này cần kệ để cho khô trước khi đem vào phòng hóa chất dụng cụ.

Hiện tại, ở một số Viện nghiên cứu, Viện Kiểm Nghiệm đã sử dụng máy rửa dụng cụ thủy tinh vì số lượng bình, test tube rất lớn và có thể là chất độc hại, nếu rửa bằng tay lâu ngày sẽ có nguy cơ bị bệnh. Máy này có thể có chế độ tự sấy khô hoặc chúng ta có thể dùng tủ sấy để làm khô dụng cụ.

-      Phần V: Phòng Cấy Cây.

Sau khi ta chuẩn bị tất cả những môi trường, hóa chất, dụng cụ thí nghiệm, mẫu từ những phòng khác. Ta tiến hành đem vào phòng cấy.

Người ta thiết kế 2 cửa cho phòng cấy để làm giảm nguy cơ nhiễm bẩn cho phòng cấy. Phòng này cần phải rất sạch sẽ. Sau thời gian sử dụng phòng cấy, chúng ta nên khử trùng phòng bằng phun Formon.

Chúng ta đặt tủ cấy sao cho hợp lý với diện tích của phòng. Tuy nhiên nên tránh để tủ cấy gần lối ra vào vì chúng có nguy cơ nhiễm bẩn từ không khí khi có người ra vào phòng. Trong phòng cấy thì tủ cấy là yếu tốt cốt lõi. Tủ chắc chắn phải được loại hầu hết các nguy cơ nhiễm bẩn. Trước khi sử dụng, người ta lau tủ bằng cồn, sau đó chiếu UV để loại bớt bẩn( nấm, khuẩn…) Trên thị trường có nhiều hãng tủ cấy khác nhau như Thermo, Esco, labtech, Labconco…

Ở các phòng thí nghiệm có kinh phí nhỏ, người ta tự thiết kế tủ bằng cách làm tủ kính riêng và mua bộ lọc khí đặt trên tủ để hút và lọc khí bẩn ra ngoài. Còn đối với tủ cấy của các hãng Labconco, Thermo, người ta thiết kế tủ theo chuẩn, bộ lọc HEPA, bộ điều khiển dòng khí. Có loại tỉ lệ dòng khí xả/ dòng khí hồi lưu: 30%/70%, hoặc xả ra hết ra môi trường. Bộ HEPA có thời gian sử dụng từ 5-7 năm tùy vào mức độ sử dụng và bảo quản tủ.

-      Phần VI: Phòng Nuôi Cấy

Sau khi cấy xong các mẫu ta đem vào phòng nuôi cấy. Phòng này tạo điều kiện tối ưu cho cây phát triển. Ta dùng đèn điện ánh sáng trắng để chiếu sáng cho phòng. Chúng ta có thể bật điện 12h/ ngày, 12h còn lại để tối. Lưu ý nhiệt độ phòng từ 18-20oC. Trên các kệ cây, chúng ta lắp các đèn, quá trình chiếu sáng sẽ sinh ra nhiệt, do vậy cây để gần đèn sẽ bị ảnh hưởng đáng kể. Do đó chúng ta để xa ra sẽ tốt cho cây hơn. Phòng này cũng nên vệ sinh sạch sẽ để tránh bị nhiễm cho cây.